（三）煩惱障：即是第二類的三障，亦即貪欲、瞋恚、不正見。唯識中所說的煩惱有六種根本煩惱，現在說明如下：根本煩惱分為貪、瞋、癡（不正見）、慢、疑、及惡見的六種；而第六種惡見又可分為身見、邊見、邪見、見取見、戒禁取見的五種，合起來稱為十惑。此十惑又可分作見思兩大類：小乘的貪、瞋、癡、慢的四項通於見思惑，疑及五見的六項稱為見惑。大乘的貪、瞋、癡、慢、身見、邊見之六項，通於見思二惑，餘四項為見惑。見惑是指諸種妄見，即由於邪知邪見而起的我見、戒禁取見等，得聞正法，便可斷；思惑是貪、瞋、癡等迷情，比較難斷。斷見惑，證入見道位；斷思惑，證入修道位；斷見思惑，為無學道位。
依據大乘法相唯識所說，煩惱有分別與俱生的二起：見惑是分別起的煩惱障及所知障；思惑是俱生起的煩惱障及所知障。分別起的煩惱障及所知障是因邪思、邪知見的影響而起，容易斷；俱生起的煩惱障及所知障是與生俱來的業力所感，故難斷。
煩惱障是貪瞋癡等諸惑，能擾眾生的身心，能障礙涅槃，乃由我執所生；所知障是貪瞋癡等諸惑，障礙所知之境及能知之智，使不現起，故名所知障，能障菩提，此乃由法執而生。
依據天台宗所判結論，大乘佛教的煩惱，將一切妄惑分為三等：1.見思二惑障涅槃。2.塵沙惑障菩提。3.無明惑障中道實相。《仁王般若經》說，三賢十聖居學地，唯佛一人住淨土，3也就是說，直到成佛，煩惱的最後一分才斷盡。
